為證明原位雜交實驗操作的準(zhǔn)確性和實驗結(jié)果的可靠性，必須設(shè)置一系列對照實驗。對照實驗的設(shè)置應(yīng)根據(jù)核酸探針和靶核酸的種類以及現(xiàn)有的可能條件選定。一般應(yīng)在下述幾種對照實驗中選擇3～4種，以證實雜交結(jié)果的可信性。
組織對照
1．Southern或Northern印跡反應(yīng) 原位雜交能在組織細(xì)胞原位顯示待測核酸(DNA或RNA)的存在。為了進(jìn)一步證實原位雜交所顯示的核酸是否存在于被檢組織內(nèi)，可從被檢組織中提取DNA或總RNA，然后分別用Southern或Northern印跡法進(jìn)行檢測。一般情況下，Southern或Northern印跡反應(yīng)結(jié)果與原位雜交結(jié)果一致，兩者互相支持。但是，當(dāng)陽性細(xì)胞在被檢的組織中所占比例很小時，原位雜交結(jié)果可能為陽性，而印跡反應(yīng)則由于靶核酸的含量太低而呈陰性結(jié)果。
2．免疫組織化學(xué) 如果能獲得靶基因產(chǎn)物抗體，可結(jié)合免疫組織化學(xué)方法，從蛋白質(zhì)(或多肽)水平在相鄰切片或同一切片中證明蛋白 質(zhì)(或多肽)和相應(yīng)的mRNA共存于同一細(xì)胞中。
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